肉豆蔻酸广泛应用于化妆品中，可以起到保湿和滋润皮肤的作用，能使皮肤对本品的吸收性较好，能在皮层内与毛囊有效接触，渗入皮层深处，并将化妆品中的活性组分带入，充分发挥有效成分的作用。一般作为化妆品溶剂及皮肤保湿剂，渗透剂。

主要用作生产表面活性剂的原料，用于生产山梨醇酐脂肪酸酯、甘油脂肪酸酯、乙二醇或丙二醇脂肪酸酯等。还可用于生产肉豆蔻酸异丙酯等。也用于消泡剂、增香剂。